Rektorn för skolan bekräftar för Aftonbladet att olyckan inträffade under en seglingsresa runt Kanarieöarna.
– Det har skett en olycka. Det är en tragisk olyckshändelse ombord på båten, säger rektorn till tidningen.
Eleverna är nu på väg hem till Sverige.
– Kristeamet är påkopplat och arbetar med krishantering tillsammans med personalen på skolan och besättningen på plats, fortsätter rektorn.
Anhöriga har underrättats.
Utrikesdepartementet bekräftar dödsfallet för TT och uppger att det handlar om en ung man.