Müller-Wohlfahrt har varit Bayerns lagläkare sedan 1977 och har behandlat många av världens elitidrottare, bland andra Zlatan Ibrahimovic och de svenska friidrottsstjärnorna Christian Olsson, Emma Green-Tregaro och Susanna Kallur. Men också den jamaicanska sprintstjärnan Usain Bolt.
I ett uttalande säger Müller-Wohlfahrt att "tilliten fick permanenta skador" då Bayerns medicinska team fick skulden för förlusten mot Porto.
Bayern München har stjärnorna Bastian Schweinstieger, Franck Ribery, Arjen Robben och David Alaba på skadebänken.
Relationen mellan tränaren Pep Guardiola och Müller-Wohlfahrt har aldrig varit särskild god. Och den blev än värre när Ribery skadades och det först sades att han bara skulle vara borta några dagar - nu har han inte spelat på fem veckor.
Bayern München skriver i ett meddelande att man beklagar beslutet men är tacksam för vad Müller-Wohlfahrt uträttat i klubben.